Решил удалить wine, а снёс по ошибке ещё часть ubuntu.

У меня bumblebee стоял. Не знаю сейчас установлен или нет. Ввожу bumblebee --help - пишет, что не знает такой

С прогами разберусь. А прозрачность окон - это настройки или графа старая?

Ну дрова накатить и свежую libreoffice из ppa поставить это же не вопрос, правда. Главное инфа на месте. Именно поэтому каталог /home рекомендуется размещать на отдельном разделе.
bumblebee ты видимо снёс, придётся ставить заново.