При входе в систему conky при автоматическом запуске отрисовывается поверх всех окон. Если убить процесс и запустить вручную - рисуется нормально, проблем нет. Если открыть конфиг и просто сохранить - тоже порядок. Вот так это выглядит (под conky - окно терминала):

Вот настройки из конфига (дальше - TEXT и информация для отображения):
Показать
text
override_utf8_locale yes
xftalpha 128
own_window_transparent yes
own_window_colour 000000
double_buffer yes
alignment top_right
background no
border_width 1
cpu_avg_samples 2
default_color #0000ff
default_outline_color #0000ff
default_shade_color #0000ff
draw_borders no
draw_graph_borders yes
draw_outline no
draw_shades no
use_xft yes
xftfont DejaVu Sans Mono:size=10
gap_x 10
gap_y 30
minimum_size 240 320
net_avg_samples 2
#no_buffers yes
out_to_console no
out_to_stderr no
extra_newline no
own_window yes
own_window_class conky
own_window_type override
stippled_borders 0
update_interval 1.0
uppercase no
use_spacer none
show_graph_scale no
show_graph_range noПросьба только указать направление поиска, хочу сам понять причину этого.