Avidemux GTK+ и QT

а в чем отличие GTK+ от QT и какой ставить ?

В вашем случае GTK версию ставьте
А вообще:
О GTK+
О Qt

но вроде в убунту и GTK+ и QT приложения отлично ставятся и работают

http://askubuntu.com/questions/10031/what-is-ubuntu-unity-for-the-desktop написал:

«Unity is a desktop shell for GNOME. This is not the same as a totally new desktop environment. A desktop shell is the interface that you use. Unity will still use the same GNOME apps and libraries that the current desktop does. GNOME shell is an example of another shell for GNOME.»

А GNOME, как известно, написан с использованием GTK+. Поэтому последний предпочтительнее, чем QT