да блин эта /var/lib/ntp/proc/ занимает 2Гига! Ничего себе подстроечка времени blink
у меня вообще такой нет. потому и не могу сказать ничего путного. Видимо демон запускался каждую секунду, потом падал, и опять запускался. Каждый раз оставляя за собой свой pid файл, длинной несколько байтов. Прошёл месяц таких падений - и 2 Гб места занято...
Читайте логи, там написано что произошло. Фильтр | grep "ntp"