router, ifconfig, dhcp

вам /var/log/messages?
В том то и дело, что НИКАКИХ логов НЕТ, пока ничего не работает, после ifconfig eth1 down/up появляются логи dhcp, что мол отдает ip и т.д., если только логи фаерволла выкладывать, но причем здесь он?

да все стартует само, изменял параметры при помощи System Services(runlevels) и dhcp и hostapd и rtorrent, все само

Имеется ввиду выполнение сервиса после загрузки (используя after.local или задать значение sleep в rc.local), а не уровни runlevels. Также можно вписать значение sleep в /etc/init.d/named (перед запуском).
В том,что after.local не работает это сомнительно, т.к. в/etc/init.d/rc есть следующие:
[console]if test -f /etc/init.d/after.local ; then
echo -n "Master Resource Control: "
echo "Running /etc/init.d/after.local"
/bin/sh /etc/init.d/after.local
rc_status -v1 -r
splashtrigger "after.local"
fi[/console]
Но, а в целом Baм надо разобраться с уровнем запуска сервисов, т. к. весь сыр-бор может заключаться в том, что запуск сервисов происходит раньше, чем успевает подняться интерфейс или все это происходит на одном уровне запуска. Отсюда и приходится использовать команды вручную.
И еще такой вопросик, когда выполняете ifconfig eth1 down/up, Вы не перезапускаете сервисы.

никакие сервисы не перезапускаю, только ifconfig eth1 down/up и все начинает работать сразу же, то есть dhcp сразу начинает отдавать ip... следовательно проблема в загрузке интерфейсов, я правильно понимаю?

Что-то в этом роде. В общем chkconfig – list, cat /etc/sysconfig/network/ifcfg-ethX (startmode='')