То есть, если я правильно понял, сейчас
Да, используя зеркало current.
Но ведь при предыдущем обновлении я из нее же обновлялся и группу пакетов из блока xfce тоже устанавливал.
Похоже, если вы использовали зеркало current, то оно было в противоречивом состоянии, на данный момент Thunar версии 1.4.0 устарел, уже дня три как я пользуюсь версией 1.6.2, взятой с зеркала той же current. А вообще, можно запретить обновление некоторых пакетов путем редактирования /etc/slackpkg/blacklist.
если сейчас поставить xfce из блока "Slackware 14.0" (или с диска) решит ли это глюки с запуском того же Thunar?
Я не в курсе о текущем состоянии вашей системы сейчас, скорее всего, поможет как раз установка нового Thunar с зависимостями.
Но Kate требует, как я понимаю, KDE-шных зависимостей, значит проблемы с ним останутся...
Да, и это лечится приведением всех версий пакетов, от которых зависит kate к единому знаменателю - то есть, вы должны использовать либо current, либо 14.0, но не оба зеркала одновременно, и
С другой стороны, это противоречит Вашему:
я не вижу здесь противоречия...