Получается надо самому какой-то скрипт накорябать.
Обработать eix -I
Выхлоп в файл.
Построчный запуск emerge с удалением обработанной строки.
всё украдено до нас: смотреть в сторону qlist и его ключей.
+ если собственный скрипт, то проще парсить /var/db/pkg
