Напишите пожалуйста подробнее в какой файл прописать скрипт?
А зачем грубо отключать то? Есть стандартный механизм S- и K-файлов /etc/rcX.d Запускать - через rc.local. Останавливать - через нужный K-файл в /etc/rcX.d. В нем тоже всё просто:
#!/bin/sh
#
VMS="WinXP mailCentOS TerminalSRV FreePBX"
#VMmodeoff=savestate
VMmodeoff=poweroff
for VM in $VMS
do
echo $VM stopping
su alex -c "VBoxManage controlvm $VM $VMmodeoff"
logger -t VirtualBox "VirtualBox $VM $VMmodeoff "$?
done