Как я уже писал, это был только пример. Подразумевалось, что команда проверки вызывалась из каталога, где находится файл-источник.
Поэтому попробуйте так:
ssh $REMOTE_IP pgrep -f 'jboss' >> $ERROR_LOG || \
(scp ${FILE} $REMOTE_IP:/opt/test 2>> $ERROR_LOG && \
ssh ${REMOTE_IP} md5sum /opt/test > ${FILE_MD5SUM} && \
(cd /opt; md5sum -c --status ${FILE_MD5SUM} 2>> $ERROR_LOG)) && \Объявляя переменную FILE_MD5SUM, следует указать абсолютный путь, например:
FILE_MD5SUM=/var/tmp/${FILE}.md5