Читаете man shutter, «Искусство написания bash-скриптов», пишете. Это несложно. Можно захватывать окно с определенным заголовком (имхо лучше просто ждать появления этого окна):
#!/bin/sh
while true; do
if `shutter -w name_of_window`;
then
what_do_need
fi
sleep 5
done
Как-то так :)