Ну, можно раскурочить бинарник попробовать, например. Посмотреть что и как внутри.
Бинарник у скайпа жутко хитрый. Раскурочить его не так-то просто.
Но так хитер он не потому, что собирает какие-то сведенья о юзерах, а (ИМХО, разумеется) потому что боятся, что их проприетарный протокол рассекретится.