Переустановка системы

Давно бьюсь над вопросом и не знаю как его решить: давно сижу на дебиане 5.0...., за время работы в нём система обрастает кучей настроек и ещё большей кучей установленных программ, но несколько раз систему нужно было сносить (по нужде) и ставить заново с чистого листа. Не могу научиться сохранять хотя бы некоторые настройки, не говоря уже о том, что при формировании новых разделов все программы (дистрибутивы) тоже пропадают (при форматировании разделов), у меня все разделы (usr, var, home, tmp, файл подкачки) находятся на разных логических дисках, как при переустановке системы хотя бы не форматировать диски с софтом (как в виндах, формуешь только "С"), и есть-ли возможность каким-то образом записать и сохранить (в файл) основные настройки системы, чтобы затем ими воспользоваться?

открываешь домашнюю директорию
нажимаешь Ctrl+H
копируешь файлы и папки с точкой в начале

Не получил вразумительного ответа: зачем-то открываю дом. директорию, зачем-то жму Ctrl+H (при нажатии которых не происходит ничего), копирую какие-то файлы: никакого объяснения что это даёт. Было два вопроса: как сохранить настройки и как не форматировать, при переустановке системы, диски с данными.

serg_11, _все_ настройки пользовательского софта хранятся в домашней папке, т.е. если ты /home/ не форматируешь, то после переустановки тебе нужно только поменять домашнюю директорию нового пользователя на старую, и сменить владельца каталога.
Системные настройки программ лежат в папке /etc/ , например настройки самбы /etc/samba