запускаю из терминала с рутовскими правами...
И зачем?
У Вас наверно сквиз или сид, вот и нету xorg.conf.
Проверьте все ли нужные пакеты установлены, командой:
dpkg -l |grep compiz
Должны быть установлены эти пакеты:
compiz
compizconfig-settings-manager
compiz-fusion-plugins-main
compiz-gnome
compiz-gtk
Для дополнительных возможностей посмотрите, что в репах есть ещё интересного, командой:
aptitude search compiz |grep ^p