При перезагрузке, устройсвам USB назначаются новые имена портов.

Через USB подключен контроллер, с которого нужно считывать данные. Каждый раз при перезагрузке системы, номер порта изменяется, а в программе которая его опрашивает, порт задан жестко.
Есть ли какие-нибудь способы зафиксировать название портов по отношению к устройствам?

Есть. udev.

номер какого порта?

Спасибо. Погуглил udev, symlink и нашел нужное мне решение.