Какой выбрать вариант при обновлении пакета?

Собственно, подскажите, какой вариант выбрать при обновлении какого либо пакета?

// Я выбираю 2 вариант\\

Что за вопрос? Посмотреть разницу, и выбрать какой нужен. Если руками правил /etc/default/grub и хочешь новую версию то переключится в другую консоль (Ctrl+Alt+F1..6) и сделать резервную копию существующего, и пункт 1.

newzenon, Спасибо, то есть если хочу оставить старую с настройками, то выбрать второй пункт. А если новую, то первую от разработчика верно?

Да.