В менеджере приложений wine 1.0.1-3.1 а на оф сайте 1.3.36, почему?

Почему в репозиториях более старые версии программ, иногда очень старые нежели на оф сайтах?

Потому что, как правило, в репозитории попадают только стабильные проверенные версии. Ды и всегда нужно время, чтобы софт обновился в репозитории, а чам больше пакетов поддерживают, тем дольше ждать.

Вообще редко видел в deb репозиториях актуальные версии софта.

Полагаю вы на stable ветке? Если хотите новые версии ПО, либо ставьте их сами, либо переходите на testing.

Просто в убунте, когда я ставил wine, то появлялась вкладка в меню приложений, где был лёгкий доступ к установленным программам, а тут надо самому ярлыки создавать, я подумал что это из-за более старой версии или на это другая причина?

Странно. У меня, вроде, даже на ленни (в меню КДЕ) создавался такой пункт. Сейчас использую с сайта разработчиков.

Я тоже хотел с оф сайта поставить, но когда распоковал выполнил ./configure, потом выполняю make и баш мне пишет "такой команды нет"