Установилось ядро 2.6.32-5-amd64.
Как? Это у Вас надо спросить...
Что делать? Удалить ядро 2.6.32-5-amd64, если оно Вам не нужно.
Если драйвер nvidia ставился с помощью dkms, то никаких проблем вообще быть не должно.
Ну и альтернативный вариант загружать ядро 2.6.32-5-686, выбирая нужный пункт а меню GRUB. Можно сделать чтобы ядро 2.6.32-5-686 загружалось по умолчанию. Для этого от рута редактируете /etc/default/grub, в строке
GRUB_DEFAULT=0
меняете 0 на, по всей видимости, 1. Сохраняете, а потом от рута
[console]update-grub[/console]